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生物发酵罐在使用中，有的微生物对灭菌的要求较高，如食品企业等，需要用高压蒸汽灭菌，如抗生素生产；有些则较低，热水消毒即可，如酒精发酵。
生物发酵罐的结构比较复杂，对于内部的边边角角不容易消毒，一般的发酵罐有自动清洗装置，清洗完之后彻底灭菌
在培养基灭菌之前，通常应先将与罐相连的分空气过滤器用蒸汽灭菌并用空气吹干。实罐灭菌时，先将输料管路内的污水放掉冲净，然后将配制好的培养基泵送至发酵罐（种子罐或料罐）内，同时开动搅拌器进行灭菌。
无论与罐连通的管路如何配制，在实行消毒时均应遵循“不进则出”的原则。这样才能保证灭菌彻底发酵，发酵罐需要消毒不留死角。
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（1） 结构简单， 基本原理也不复杂， 与带搅拌桨的浆式反应器相比能耗较低
（2） 依靠气体产生定向循环， 而非离心泵类机械设备， 流动形式确定， 液体循环强烈， 内部无运动部件，具有较小的剪切应力，能量耗散很均匀，对剪切力敏感物料具有特别重要的意义；
（3） 与传统的鼓泡塔相比， 其可操作量的气体和液体流速范围大得多；
（4） 供气效率高， 升气管中通气可大于鼓泡反应器进气量， 有利于好氧类反应；
（5） 流化效果， 可以是固体颗粒， 甚至较重的颗粒需要完生物发酵罐全保持悬浮状态。
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